Os projetos desenvolvidos pela Funatura são, na sua grande maioria, no bioma Cerrado. Outros abrangem a Mata Atlântica, Pantanal e a Caatinga. A equipe de especialitas na área ambiental trabalha para que os objetivos da Fundação, previstos em seu estatuto, sejam cumpridos. Além dos projetos, a Funatura participa de diferentes fóruns e colegiados, criados com a meta de colaborar na definição de políticas públicas para o setor ambiental, representando a sociedade civil organizada em conselhos, comitês e fóruns, entre outros.

Atualmente (setembro 2020), estão em andamento na Funatura os seguintes projetos:

o   Monitoramento da Biodiversidade nas Áreas da Suzano S.A. Celulose - O projeto tem como objetivo avaliar, ao longo do tempo, as respostas da flora e da fauna nativas para as atividades silviculturais da empresa nas reservas de vegetação nativas e plantios comerciais de eucalipto vizinhos. Realiza o inventário de espécies e acompanhamento de seus índices de abundância relativa ao longo do tempo. Também avalia o impacto do atropelamento de fauna na BR 158, no trecho entre a cidade de Três Lagoas e a divisa com o estado de São Paulo, englobando a região da fábrica da empresa em Mato Grosso do Sul.

o   Implementação das Ações Prioritárias do Plano de Ação Nacional (PAN) Pato Mergulhão (Mergus octosetaceus) - Importante projeto para o monitoramento ambiental do bioma Cerrado, o PAN Pato Mergulhão tem como prioridade a verificação da situação populacional de locais de ocorrência histórica da espécie. Considerado o Embaixador das Águas, por caracterizar a boa saúde ambiental dos rios em que vive, o pato-mergulhão é a ave aquática mais ameaçada da América Latina.

o   Projeto FIP Coordenação - Realiza o monitoramento e avaliação dos sete projetos financiados pelo Plano de Investimentos do Brasil (PIB), no âmito do Programa de Investimento Florestal (FIP), de forma a intervir positivamente em questões que possam colocar os projetos em algum nível de risco, bem como incentivar a construção de ações de sinergias entre eles. O PIB/FIP compõe uma iniciativa global do Climate Investment Found (CIF) de apoio à redução das emissões e da degradação florestal.

o   Reservas Privadas do Cerrado (RPPN/CEPF) - O objetivo desse projeto é aumentar as unidades de conservação no Cerrado criando Reservas Particulares do Patrimônio Natural (RPPNs). Acontece por meio de parceria e arranjo institucional com o Instituto Cerrados, a Fundação Neotrópica, a Cooperativa de Cafeicultores de MG (Coxupé) e o Fundo de Parceria para Ecossistemas Críticos (CEPF, na sigla em inglês para Critical Ecosystem Partnership Fund) no Cerrado. A meta é chegar à criação de 50  RPPNs até 2021. Até o momento, o projeto já conseguiu executar 50% do total previsto.

No passado, a Funatura  apoiou a criação e/ou implantação de 15 Santuários de Vida Silvestre em RPPNs, numa área aproximada de 115 mil hectares. As atividades incluem acompanhamento dos processos no Ibama e/ou cartórios, delimitações, planos de manejo, centros de visitantes, educação ambiental e pesquisas.

o   Acordo de Cooperação com a Secretaria do Meio Ambiente (Sema) do governo da Bahia para elaboração dos Planos de Manejo de três Unidades de Conservação Estaduais - Os Planos de Manejo têm por objetivo a compensação ambiental no Monumento Natural Cânions do Subaé, Parque Estadual da Serra dos Montes Altos e Monumento Natural da Serra dos Montes Altos pela Enel Green Power Cristal Eólica S.A.

Além dos projetos atuais, a Funtaura tem atuação histórica no Parque Nacional Grande Sertão Veredas, com um conjunto de projetos na região, desde os estudos que resultaram na criação do Parque. O objetivo é apoiar a implementação de ações que visem à conservação da sociobiodiversidade do Cerrado. Conforme o previsto no Plano de Manejo, a área a ser trabalhada envolve, não só o próprio Parque, como também sua zona de amortecimento e os corredores ecológicos. Assim, a Funatura está atuando como um agente facilitador para que sejam desenvolvidas ações de proteção, pesquisa e uso público do Parque, com o uso sustentável dos recursos naturais.

Estudos e pesquisas

Ao longo da história da Funatura, estudos e pesquisas têm sido publicados em revistas especializadas e contribuem para teses de mestrado e doutorado na área ambiental. Os principais apoiadores desses trabalhos, alguns deles feitos em parceria com professores e alunos da Universidade de Brasília, são: Furnas, Aracruz, SESC e Fundação O Boticário de Proteção à Natureza.

Articulação Interinstitucional

A Funatura participa de coletivos (grupos de trabalho, representações e parcerias) que buscam influenciar na definição de políticas públicas ambientais, como o Fórum das ONGs Ambientalistas do DF e Entorno, a Rede Pró-Unidades de Conservação, a Rede Cerrado e o Fórum Brasileiro de ONGs e Movimentos Sociais.