A administração da Funatura é feita por uma Diretoria Executiva, composta de três Diretores, sendo um deles o Presidente e os demais 1º e 2º Vice-presidentes, nomeados pelo Conselho de Curadores dentre seus pares para um mandato de três anos, podendo ser renovado e substituíveis por deliberação do Conselho.

À Diretoria cabe cumprir e fazer cumprir o Estatuto, o Regimento Interno, as normas, deliberações e atividades aprovadas pelo Conselho de Curadores. 

Composição:

Diretor Presidente: Aldenir Chaves Paraguassú

Diretor 1º vice-presidente: Cleber José Rodrigues Alho

Diretor 2º vice-presidente: Nikolaus Uberthus Josef Maria Von Behr